アプリ内課金、購入（in-app purchase）で「Sandbox 環境で新規アカウントを作成してください。」と出てしまう原因はi-FunBoxに確定。
対応が確認されるまでは、i-FunBoxにiPhoneを繋がないのが吉です。
追記：
同志の報告により、対応方法が判明しました！うっかりi-FunBoxを繋いでしまったら、sshで次のコマンドをうちましょう。
rmdir /var/mobile/tdmtanf
その後リブートし、sandbox化したAppを削除し再インストール。
追記：Ver1.6でtdmtanf自動生成を廃止したと、開発者より回答がありました！
